Chegou a hora da batalha final contra os Anjos, onde Shinji precisa superar seus traumas e mostrar seu verdadeiro valor. Enquanto uma luta épica acontece, os chefões da SEELE perseguem Gendo Ikari, pai de Shinji, que usou sua posição na NERV para benefício próprio. Adão, EVA, Anjos e humanos se envolvem em um emocionante desfecho, revelando respostas e novas questões.